Thay đổi đáng chú ý nhất tại Nghị định 359/2025/NĐ-CP là việc chính thức bãi bỏ điều kiện hoàn thuế liên quan đến việc người bán phải hoàn tất nghĩa vụ thuế. Trước đây, theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế chỉ được chấp nhận nếu người bán của họ đã nộp đủ hồ sơ khai thuế và không còn nợ thuế GTGT của kỳ tương ứng.

Quy định cũ vốn gây nhiều tranh cãi vì đẩy thế khó về phía doanh nghiệp mua hàng khi phải chịu trách nhiệm thay cho hành vi chậm trễ hoặc vi phạm của bên bán. Với việc bãi bỏ quy định này, toàn bộ các rào cản liên quan đến người bán đều bị xóa bỏ, giúp quy trình hoàn thuế trở nên khách quan và minh bạch hơn.

Nhằm đảm bảo tính liên tục và hỗ trợ tối đa cho doanh nghiệp, Nghị định 359 cũng đưa ra điều khoản chuyển tiếp mang tính đặc cách. Cụ thể, các cơ sở kinh doanh đã nộp hồ sơ hoàn thuế và được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 01/01/2026 nhưng chưa nhận được quyết định hoàn trả sẽ được hưởng cơ chế mới.

Những hồ sơ này sẽ không còn phải đáp ứng điều kiện "người bán đã kê khai, nộp thuế". Đây được xem là một "phao cứu sinh" cho hàng ngàn hồ sơ đang bị tồn đọng do vướng mắc về kiểm tra thông tin người bán trong thời gian qua.

Bên cạnh chính sách hoàn thuế, Nghị định 359 cũng làm rõ cơ chế thuế đối với sản phẩm nông nghiệp, lâm nghiệp và thủy sản chưa chế biến. Theo đó:

Khâu kinh doanh thương mại giữa các doanh nghiệp, HTX: Khi doanh nghiệp, HTX (nộp thuế theo phương pháp khấu trừ) bán sản phẩm sơ chế cho các doanh nghiệp, HTX khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào.

Bán cho hộ cá nhân, cá nhân: Trường hợp bán cho hộ, cá nhân kinh doanh hoặc các đối tượng khác, mức thuế suất sẽ áp dụng là 5%.

Phương pháp tính trực tiếp: Đối với các tổ chức kinh tế nộp thuế theo phương pháp trực tiếp, mức thuế phải nộp được ấn định là 1% trên doanh thu.

Việc nới lỏng các điều kiện hoàn thuế và làm rõ đối tượng không chịu thuế tại khâu thương mại nông sản được kỳ vọng sẽ tạo động lực lớn cho các doanh nghiệp xuất khẩu và kinh doanh nông sản. Chuyên gia tài chính nhận định, Nghị định 359/2025/NĐ-CP không chỉ giúp doanh nghiệp giải phóng nguồn vốn lưu động mà còn thể hiện tinh thần đồng hành của Chính phủ trong việc cải cách thủ tục hành chính, hướng tới một hệ thống thuế hiện đại và hiệu quả hơn trong năm 2026./.