Theo Kết luận thanh tra số 1423/TT-TTCP của Thanh tra Chính phủ về việc chấp hành quy định của pháp luật trong thực hiện một số dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng xây dựng-chuyển giao, hợp đồng xây dựng-kinh doanh-chuyển giao (BOT) thuộc lĩnh vực giao thông, môi trường tại Bộ Giao thông vận tải (GTVT) mới được ban hành thì Dự án BOT Phước Tượng-Phú Gia được Bộ GTVT áp dụng hình thức chỉ định thầu lựa chọn nhà đầu tư theo cơ chế quản lý và thực hiện các DA đầu tư trên tuyến quốc lộ 1 đoạn Hà Nội-Cần Thơ và đường Hồ Chí Minh đoạn qua Tây Nguyên.

Nhà đầu tư là liên danh Công ty TNHH BOT Hưng Phát, Công ty CP Đầu tư thương mại quốc tế Hà Thành, Công ty CP Đầu tư và Xây dựng Việt Thành, tổng mức đầu tư DA là trên 1.743 tỉ đồng, thời gian thực hiện từ tháng 7/2013-30/9/2015 với phương án tài chính thu hồi vốn cho nhà đầu tư với thời gian thu phí phê duyệt là 19 năm 2 tháng 17 ngày. Tuy nhiên, việc lập, thẩm định, phê duyệt Tổng mức đầu tư của Bộ GTVT có một số nội dung sai quy định và chưa phù hợp.

Kết luận Thanh tra nêu rõ: "Qua kiểm tra về phê duyệt, điều chỉnh dự án, bổ sung phụ lục hợp đồng và kết quả kiểm tra về Tổng mức đầu tư xác định sai lệch. Cụ thể, việc Bộ Giao thông Vận tải chấp thuận chuyển trạm thu phí về phía bắc hầm Hải Vân, trong khi không có đường song hành, dẫn đến giá trị doanh thu năm 2016 giữ nguyên không được chiết giảm 60%; điều chỉnh giảm vốn đầu tư theo kết quả kiểm tra tổng mức đầu tư tăng sai trên 44,16 tỉ đồng, loại bỏ thuế VAT, điều chỉnh lưu lượng xe qua trạm thu phí. Từ những điều chỉnh nêu trên, thời gian khai thác thu phí hoàn vốn của hợp đồng phải điều chỉnh giảm chỉ còn 8 năm 6 ngày, giảm 11 năm 2 tháng 11 ngày".

Bên cạnh đó, Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra sai phạm trong quản lý chi phí đầu tư của Dự án khi lập, phê duyệt Dự toán không đúng chế độ hiện hành với tổng giá trị hơn 50,84 tỉ đồng.