Theo kết luận thanh tra, chủ đầu tư dự án "Trồng rừng, nuôi rong biển kết hợp du lịch sinh thái đảo Hòn Rùa" là Công ty TNHH Sinh thái Hòn Rùa đã vi phạm nghiêm trọng trong việc tự lấn chiếm đất danh thắng quốc gia vịnh Nha Trang.

Cụ thể, chủ đầu tư đã tự đổ đất đá lấp biển vịnh Nha Trang tại khu vực đảo Hòn Rùa, với diện tích gần 12.900m²; thi công xây dựng trái phép đường giao thông nội bộ trên đảo Hòn Rùa ngoài ranh giới được giao với diện tích hơn 1.000m². Với 2 sai phạm này, chủ đầu tư bị phạt hành chính 110 triệu đồng. Ngoài ra, chủ đầu tư còn bị phạt 15 triệu đồng về hành vi không lập và gửi kế hoạch quản lý về môi trường theo quy định; phạt 50 triệu đồng đối với hành vi không thực hiện chương trình giám sát môi trường. Tổng mức phạt cho cả 4 sai phạm là 175 triệu đồng. 

Cùng với xử phạt hành chính, UBND tỉnh Khánh Hòa yêu cầu chủ đầu tư khôi phục lại hiện trạng ban đầu của đảo Hòn Rùa, báo cáo UBND tỉnh thẩm định trước ngày 16/10. Theo ghi nhận, hiện chủ đầu tư đang thực hiện múc đất, đá ở 1 số khu vực kè chắn sóng lên. Tuy nhiên, nhiều khả năng, chủ đầu tư sẽ khó hoàn thành việc khôi phục hiện trạng đúng thời điểm UBND tỉnh quy định.