Đại diện ga Nha Trang cho biết đã tạm dừng công tác đối với nhân viên trực ban chạy tàu vào rạng sáng 9/7 để giải trình, làm rõ sự cố này. Hiện nay các đơn vị liên quan đang củng cố tài liệu để xác định nguyên nhân chính thức và sẽ đưa ra hình thức kỷ luật đối với cá nhân liên quan.

Sự cố xảy ra vào 3 giờ sáng 9/7, nhân viên trực ban chạy tàu đã nhầm lẫn khi tín hiệu chuyển hướng tàu SE26 vào đường sắt số 2 đã bật, nhưng thực tế thiết bị ghi vẫn đặt thông vào đường số 3.  Khi tàu SE26 trên đường vào ga thì may mắn nhân viên trực ghi phát hiện tàu này chạy sai đường và ngay lập tức bật đèn yêu cầu dừng tàu. Vì tất cả các tàu vào ga Nha Trang đều phải đi rất chậm, dưới 15km/giờ nên tàu SE26 đã dừng kịp thời.