Các tàu cá trước khi xuất bến, nhập bến lên cá tại các cảng trên địa bàn tỉnh Phú Yên đều được cơ quan chức năng kiểm tra. Đối với 2 cảng cá lớn của tỉnh là Đông Tác và Phú Lạc, 100% tàu cá khi cập bến tại đây, chủ tàu phải khai báo nguồn gốc khai thác. Đối với tàu rời bến: 100% tàu cá được kiểm tra hồ sơ giấy tờ và kiểm tra thực tế khi xuất bến, đặc biệt chú trọng các tàu lưới kéo, tàu có dấu hiệu nghi ngờ đánh bắt hải sản ở vùng biển nước ngoài. Tỉnh Phú Yên sẽ xử lý nghiêm các doanh nghiệp, cơ sở thu mua, tàu cá mua bán thủy sản được khai thác từ biển nhưng không qua 4 cảng cá trên địa bàn tỉnh.

Phú Yên là 1 trong những tỉnh ven biển miền Trung mà thời gian qua có tàu cá vi phạm vùng biển nước ngoài và chưa thực hiện hiệu quả nhật ký hành trình khai thác. Do vậy, tỉnh này đang nỗ lực triển khai nhiều biện pháp để đảm bảo thực hiện việc kiểm soát, ngăn chặn các hoạt động  về chống khai thác bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định theo hướng dẫn của EC.