Ngay thời điểm này, lúa Hè Thu ở nhiều vùng đang thiếu nước do khô hạn thì những trạm bơm "ăn" nước từ Sông Ba không thể hoạt động do không có nguồn nước. Có nhiều ý kiến cho rằng, cần đánh giá lại tình trạng ngăn dòng làm đường công vụ thi công cầu tác động đến dòng chảy sông Ba.
Những năm trước, nước ở phía Bắc Sông Ba lúc nào cũng dồi dào nhưng 2 năm trở lại cạn dần. Nhiều đoạn trơ đáy. Trạm bơm chống hạn Hòa Định có công suất 6.000m3/giờ là 1 công trình trọng điểm cung cấp nước cho 8 xã phía Bắc và kênh N3 của tỉnh Phú Yên. Tuy nhiên, bây giờ không còn nguồn nước để hoạt động vì nước sông khô cạn.
Theo người dân và cả Công ty TNHH MTV thủy nông Đồng Cam, từ khi cầu Ông Dinh khởi công xây dựng và đơn vị thi công ngăn dòng làm đường công vụ thì nguồn nước dưới cầu cạn dần. Trong tháng 6, khi trạm bơm này bắt đầu hoạt động trở lại để phục vụ bơm tưới cho vụ Hè Thu thì lượng nước trên sông Ba đoạn qua xã Hòa Định Đông, huyện Đông Hòa vào trạm chỉ đáp ứng khoảng 40% công suất máy và gần 10 ngày qua đã dừng hoạt động hoàn toàn. Trạm bơm Hòa Định dừng hoạt động gây khó khăn không ít cho công tác chống hạn.
Theo Sở Giao thông Vận tải Phú Yên, đường công vụ trên sông Ba phục vụ cho việc thi công cầu Ông Dinh có đánh giá tác động môi trường và phía Bắc trên con đường công vụ có đặt cống chảy. Nhưng thực tế, nguồn nước qua khu vực này gần như rất ít. Người dân dọc sông và công ty TNHH MTV Thủy nông Đồng Cam Phú Yên đang kiến nghị tỉnh Phú Yên có giải pháp pháp thông dòng để có nước phục vụ sản xuất, bởi nếu tình trạng này kéo dài thì khoảng 2.000ha lúa Hè Thu của phía Bắc Phú Yên sẽ khô hạn vì sông Ba qua Hòa Định Đông đã cạn nước.