Bộ Chỉ huy Bộ đội biên phòng thành phố Đà Nẵng đã triển khai phương án bảo vệ an ninh trật tự an toàn các hoạt động trong các khu vực được phân công. Theo đó, các đơn vị sử dụng tối đa lực lượng, phương tiện làm nhiệm vụ nhằm đảm bảo an ninh trật tự, an toàn trong các ngày diễn ra sự kiện; phối hợp với các cơ quan liên quan bố trí vị trí neo đậu và hoạt động của tàu thuyền trên sông, trên biển. Đặc biệt là hoạt động phản động của các tổ chức nước ngoài núp dưới bóng khách du lịch xâm nhập đường cảng biển hoặc giả dạng tàu cá, tàu du lịch Việt Nam xâm nhập bằng đường biển; "người nhái biệt kích" bí mật đột nhập vào các khách sạn, các trung tâm nơi diễn ra các sự kiện quan trọng trong tuần lễ cấp cao APEC.

Để đảm bảo an ninh trật tự, an toàn cho các quan chức, các đoàn nhập cảnh vào Việt Nam dự Hội nghị, Bộ đội biên phòng thành phố Đà Nẵng đã chỉ đạo Biên phòng Cửa khẩu cảng thực hiện tốt công tác xuất nhập cảnh, đảm bảo tuyệt đối an toàn cho người, phương tiện xuất nhập cảnh qua cửa khẩu cảng biển Đà Nẵng; tham gia cứu hộ, cứu nạn trên sông, trên biển; kịp thời ngăn chặn người, phương tiện có hành vi làm mất an ninh trật tự trong khu vực. Đồng thời huy động thêm lực lượng chó nghiệp vụ để xử lý các tình huống đột xuất có thể xảy ra.

Bộ Chỉ huy cũng triển khai lực lượng phối hợp với các lực lượng Công an, Quân đội, Vùng Cảnh Sát biển 2, Vùng 3 Hải quân; hiệp đồng với lực lượng giáp ranh là Bộ đội biên phòng tỉnh Quảng Nam và Thừa Thiên Huế để theo dõi, nắm chắc tình hình âm mưu, thủ đoạn hoạt động chống phá của các thế lực thù địch; kịp thời ngăn chặn, bắt giữ những tên phản động, khủng bố... triển khai bảo vệ các địa điểm, các khu vực diễn ra Hội nghị và bảo đảm an ninh trật tự trên các tuyến đường trọng điểm.