Sau khi nghe phương án đề nghị miễn giảm phí qua trạm BOT Ninh Lộc cho phương tiện trên địa bàn thị xã Ninh Hòa, tỉnh Khánh Hòa, Bộ GTVT đã đồng ý phương án giảm 100% xe loại 1 (xe dưới 12 chỗ và xe tải trọng lượng dưới 2 tấn, các loại xe buýt chở khách ) cho 20 xã lân cận trạm BOT Ninh Lộc và đồng ý về nguyên tắc giảm 40% cho xe từ loại 2 đến loại 5 trên địa bàn 20 xã này. Còn đề nghị giảm 50% cho tất cả các loại xe tại 7 xã còn lại của thị xã Ninh Hoà, Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu Sở GTVT Khánh Hòa rà soát, thống kê số lượng để tham mưu UBND tỉnh Khánh Hòa có văn bản đề nghị miễn giảm, vừa đảm bảo quyền lợi của người dân địa phương và đảm bảo phương án tài chính của chủ đầu tư. Bộ cũng đồng ý miễn phí cho các xe buýt hoạt động tuyến liên tỉnh từ TP. Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa đi TP. Tuy Hòa, tỉnh Phú Yên.
Đồng thời, Bộ GTVT cũng sẽ yêu cầu triển khai nhanh việc thu phí tự động không dừng tại trạm thu giá BOT Ninh Lộc.
Bộ GTVT đề nghị tỉnh Khánh Hòa chỉ đạo các ngành đảm bảo an ninh trật tự, an toàn giao thông tại trạm BOT Ninh Lộc và điều tra xử lý đối tượng cố tình gây rối tại trạm.
