2 năm trở lại đây, hòn Yến đón nhận lượng khách du lịch tăng cao đột biến. Trải rộng trên hơn 20 ha, quần thể san hô này nằm ngay sát bờ, nên hành trình của khách du lịch đến đây rất dễ dàng.
Tuy nhiên, khách du lịch đến đây đều đi theo dạng tự phát. Tỉnh Phú Yên chưa đưa hòn Yến thành một điểm khai thác du lịch chính thức nên chưa có đơn vị nào đảm nhiệm vai trò quản lý hay bảo vệ điểm đến này. Cũng vì lý do đó mà không có biển báo nào nhắc nhở du khách trong việc bảo vệ môi trường và sinh vật biển tại đây.
Vào cuối tháng 4 vừa qua, tỉnh Phú Yên đón nhận bằng Di tích Quốc gia của Bộ Văn hóa Thể thao Du lịch đối với Quần thể Hòn Yến bởi giá trị tự nhiên từ địa chất đến hệ động thực vật, đa dạng sinh học của nó. Lượng khách du lịch đến với quần thể thắng cảnh này, theo đó, cũng tăng lên. Do đó, nếu cơ quan chức năng không có những biện pháp quản lý kịp thời thì những hành động này của khách du lịch, chắc chắn sẽ ảnh hưởng đến môi trường sinh thái và quần thể san hô ở đây.
