Nước thải công nghiệp và nước thải chưa qua xử lý được coi là nguyên nhân chính đầu độc dòng sông Yamuna. Những ụ bọt trắng xóa như tuyết đã phủ trắng dòng sông. Bất chấp dòng nước bị ô nhiễm nặng, nhiều tín đồ theo đạo Hindu vẫn ngâm mình dưới nước để cầu nguyện trong lễ hội Chhath Puja.

Yamuna vốn là một trong những con sông ô nhiễm nhất ở Ấn Độ. Nhiều biện pháp làm sạch con sông đã được đưa ra nhưng đến nay vẫn chưa đạt hiệu quả.