Việc triển khai Thông tư 121/2025/TT-BTC từ đầu tháng 2/2026 được xem là bước thay đổi quan trọng trong quản lý hải quan đối với loại hình gia công và sản xuất xuất khẩu. Để không làm gián đoạn hoạt động của doanh nghiệp, Cục Hải quan đã ban hành Công văn 11811/CHQ-GSQL, hướng dẫn các chi cục khu vực giải quyết những khó khăn thực tế.

Hướng dẫn tập trung vào doanh nghiệp chế xuất (DNCX), hoạt động gia công, sản xuất xuất khẩu và đặc biệt là xuất nhập khẩu tại chỗ – những lĩnh vực nghiệp vụ phức tạp, dễ xảy ra sai sót khi kê khai và đối chiếu hàng hóa. Trong những ngày đầu áp dụng quy định mới, nhiều doanh nghiệp phản ánh lúng túng khi hệ thống chưa kịp nâng cấp chức năng xác nhận tự động qua khu vực giám sát đối với tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ.

Trước tình hình đó, cơ quan Hải quan cho phép doanh nghiệp tiếp tục khai báo theo Phụ lục I của Thông tư 121, đồng thời duy trì cơ chế quản lý nội bộ chặt chẽ giữa DNCX và doanh nghiệp nội địa. Việc cụ thể hóa từng nhóm tình huống không chỉ giúp doanh nghiệp yên tâm thực hiện thủ tục mà còn tạo sự thống nhất trong xử lý giữa các chi cục, hạn chế tình trạng ách tắc tại cửa khẩu.

Công văn 11811 cũng nhấn mạnh việc quản lý nguyên liệu, vật tư thu hồi từ hoạt động gia công, sản xuất xuất khẩu. Đối với hàng nhập khẩu đưa vào DNCX để tái chế hoặc thu hồi linh kiện, doanh nghiệp phải phản ánh đầy đủ trong báo cáo quyết toán năm. Mọi thay đổi về luồng hàng, kể cả khi chuyển tiêu thụ nội địa, đều phải khai báo đúng loại hình và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế, nhằm ngăn chặn việc lợi dụng ưu đãi thuế để đưa hàng vào thị trường trong nước không đúng quy định.

Đáng chú ý, nguyên tắc “đối ứng” giữa tờ khai xuất khẩu tại chỗ và nhập khẩu tại chỗ được siết chặt, bảo đảm mỗi tờ khai xuất phải có tờ khai nhập tương ứng. Quy định này tăng tính minh bạch, giúp cơ quan quản lý dễ dàng đối soát và theo dõi dòng chảy hàng hóa trong toàn bộ chuỗi cung ứng.

Đánh giá về động thái này, TS Mạc Quốc Anh, Phó Chủ tịch kiêm Tổng Thư ký Hiệp hội Doanh nghiệp nhỏ và vừa TP Hà Nội cho rằng việc ban hành hướng dẫn ngay khi thông tư có hiệu lực thể hiện sự đồng hành sát sao của ngành Hải quan với doanh nghiệp. Theo ông, Thông tư 121 là cải cách lớn nên cần thời gian thích nghi; việc đưa ra các kịch bản xử lý cụ thể cho tạm nhập, tái xuất hay xuất nhập khẩu tại chỗ giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro pháp lý, đặc biệt trong bối cảnh chuỗi cung ứng toàn cầu đòi hỏi độ chính xác và tiến độ giao hàng nghiêm ngặt.

Đại diện cộng đồng doanh nghiệp Hà Nội cũng đề xuất việc cấp tài khoản tra cứu hệ thống quản lý cho các đơn vị hải quan cửa khẩu để tăng hiệu quả kiểm tra cơ sở sản xuất, hợp đồng gia công, qua đó phân loại rõ doanh nghiệp tuân thủ tốt và các trường hợp có dấu hiệu gian lận.

Ở góc độ doanh nghiệp, ông Trần Văn Nam – Giám đốc điều hành Công ty XNK cơ khí Nam Cương – cho biết hướng dẫn mới đã tháo gỡ vướng mắc khi hệ thống chưa kịp cập nhật tính năng xác nhận tự động cho tờ khai tại chỗ. Việc linh hoạt sử dụng mã loại hình đối với hàng tái chế nhưng vẫn bảo đảm quản lý chặt về thuế giúp doanh nghiệp tối ưu nguồn nguyên liệu thu hồi mà không lo vi phạm.

Với số thu ngân sách tháng 1/2026 đạt 39.058 tỷ đồng, ngành Hải quan cho thấy nỗ lực song hành giữa đảm bảo nguồn thu và tạo thuận lợi thương mại. Việc kịp thời tháo gỡ vướng mắc cho Thông tư 121 được xem là nền tảng để duy trì thông suốt dòng hàng gia công, sản xuất xuất khẩu – động lực quan trọng của nền kinh tế. Thời gian tới, nâng cấp hệ thống công nghệ thông tin theo hướng tự động hóa toàn diện các khâu giám sát sẽ tiếp tục là trọng tâm, góp phần giảm can thiệp thủ công và nâng cao độ chính xác trong quản lý báo cáo quyết toán của doanh nghiệp.