Theo cáo trạng, từ năm 2023 đến tháng 4/2025, bộ ba lãnh đạo gồm Hoàng Quang Thịnh (Chủ tịch HĐQT Công ty Z Holding), La Khắc Minh và Nguyễn Văn Minh (Phó tổng giám đốc) đã trực tiếp chỉ đạo nhân viên lập hai hệ thống sổ sách trên phần mềm Misa. Hệ thống thứ nhất là "sổ quản trị", dùng để ghi chép toàn bộ dữ liệu bán hàng thực tế, bao gồm cả các khoản doanh thu không có hóa đơn nhằm mục đích phân chia lợi nhuận và tái đầu tư.

Ngược lại, hệ thống thứ hai là "sổ tài chính" chỉ cập nhật những phần doanh thu có hóa đơn, chứng từ hợp lệ để báo cáo với cơ quan thuế. Để hợp thức hóa quy trình này, nhóm bị can đã sử dụng mạng lưới gồm 22 công ty, 26 hệ thống bán hàng và 179 hộ kinh doanh. Tuy nhiên, kết quả điều tra xác định việc kinh doanh thực tế chỉ tập trung tại 26 hệ thống, còn các pháp nhân và hộ kinh doanh khác chỉ đóng vai trò là công cụ để phân bổ doanh thu và kê khai thuế giả tạo.

Kết luận giám định của cơ quan thuế vào tháng 12/2025 chỉ ra rằng hành vi gian lận của hệ thống Z Holding cùng các đơn vị liên quan như Công ty Nature Made và One Group đã gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng. Tổng doanh thu từ các sản phẩm sữa giả mà hệ thống này thu về lên tới hơn 2.408 tỷ đồng, trong khi chi phí giá vốn chỉ chiếm một phần nhỏ.

Cơ quan chức năng xác định, sau khi loại trừ phần doanh thu từ hàng giả, các bị can vẫn phải chịu trách nhiệm hình sự đối với tổng số tiền gây thiệt hại về thuế là hơn 1.037 tỷ đồng. Trong đó, riêng hệ thống Z Holding đã gây thất thoát hơn 927 tỷ đồng và Công ty Nature Made gây thiệt hại hơn 71 tỷ đồng. Hiện nhóm lãnh đạo này đang đối mặt với các tội danh Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng, Sản xuất, buôn bán hàng giả là thực phẩm và Rửa tiền./.