Sau khi sáp nhập Tòa án Nhân dân 2 tỉnh Phú Yên và Đắk Lắk đã có những phát sinh gây khó khăn cho người dân và một số đơn vị sau sáp nhập trên lĩnh vực tố tụng. Hiện, vẫn còn hàng trăm hồ sơ từ các vụ án tồn lại từ Tòa án Nhân dân tỉnh Phú Yên cũ phải giải quyết. Có những vụ án được thực hiện tại Tòa án Nhân dân tỉnh cơ sở 2 nhưng cũng có nhiều vụ án, người dân, đương sự phải di chuyển lên Tòa án Nhân dân tỉnh Đắk Lắk mới. 

Rõ ràng, sau sáp nhập, các cơ quan hành pháp đang nỗ lực để cải cách thủ tục hành chính, quy trình xét xử thuận lợi cho người dân và các cơ quan liên quan. Nhưng cũng có việc để người dân, doanh nghiệp đi lại trong điều kiện xa, cách trở và tăng chi phí là điều cần phải tính toán để hiệu quả của việc sáp nhập, tinh gon bộ máy, hướng đến giải quyết các vấn đề cho người dân được tốt hơn.