Nghị định 46/2026 hướng dẫn thi hành Luật An toàn thực phẩm chính thức có hiệu lực từ ngày 26/1, với nhiều quy định siết chặt quản lý thực phẩm nhập khẩu, thực phẩm bảo vệ sức khỏe và hoạt động kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm.

Tuy nhiên, ngay sau khi nghị định có hiệu lực, nhiều doanh nghiệp phản ánh tình trạng hàng hóa ùn ứ tại cảng do chưa có hướng dẫn cụ thể để thực hiện các thủ tục kiểm tra theo quy định mới. Trong khi đó, một số cơ quan chuyên ngành tạm dừng tiếp nhận hồ sơ đăng ký kiểm tra an toàn thực phẩm để chờ hướng dẫn, khiến hàng trăm container thực phẩm chưa thể thông quan.

Nhiều doanh nghiệp cho biết họ rơi vào thế bị động khi nghị định có hiệu lực ngay mà không có thời gian chuẩn bị. Anh Nguyễn Thắng, chủ một doanh nghiệp nhập khẩu thực phẩm đông lạnh tại TPHCM, cho biết lô hàng của công ty về cảng từ ngày 27/1 nhưng vẫn chưa được giải phóng do hải quan yêu cầu bổ sung hồ sơ an toàn thực phẩm – thủ tục mà trước đây doanh nghiệp chưa từng phải thực hiện.

Theo phản ánh, dù đã có chứng thư kiểm dịch từ cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu, doanh nghiệp vẫn phải làm thêm thủ tục kiểm tra an toàn thực phẩm trong nước. Tuy nhiên, các đơn vị được cho là có thẩm quyền tiếp nhận hồ sơ hiện vẫn chờ hướng dẫn nên chưa thể xử lý, khiến hàng đông lạnh phải nằm chờ tại cảng, phát sinh chi phí lưu container, lưu bãi và tiền điện mỗi ngày.

Không chỉ một vài trường hợp riêng lẻ, nhiều hợp đồng nhập khẩu đã ký từ trước Tết cũng lâm vào cảnh tương tự. Doanh nghiệp lo ngại nếu hàng không được thông quan kịp thời sẽ phải bồi thường hợp đồng, đồng thời gặp khó trong tiêu thụ sau cao điểm Tết.

Một số trung tâm kiểm nghiệm cũng thông báo tạm dừng tiếp nhận hồ sơ đăng ký kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm đối với hàng nhập khẩu. Điều này khiến quy trình thông quan gần như bị đình trệ, dù hàng hóa trước đây vẫn được nhập khẩu bình thường theo quy định cũ.

Theo thống kê của Cục Hải quan, riêng ngày 30/1, nhiều cửa khẩu ghi nhận lượng lớn xe hàng chưa thể thông quan do chưa có kết quả kiểm tra an toàn thực phẩm, như khoảng 300 xe tại cửa khẩu quốc tế Kim Thành (Lào Cai), 251 xe tại Hoa Lư, 50 xe tại Lao Bảo, 100 xe tại Dinh Bà và 200 xe tại Vĩnh Xương.

Trước tình trạng trên, Hiệp hội Sữa Việt Nam đã có văn bản khẩn gửi Phó Thủ tướng Lê Thành Long, kiến nghị tháo gỡ vướng mắc khi triển khai Nghị định 46 và Nghị quyết 66.13/2026. Hiệp hội cho biết thẩm quyền kiểm tra an toàn thực phẩm đối với hàng nhập khẩu đã được chuyển về UBND các tỉnh, thành phố từ ngày 27/1, nhưng do chưa có hướng dẫn cụ thể, cơ quan kiểm tra không thể lấy mẫu và cấp giấy xác nhận, dẫn đến hải quan không có căn cứ để thông quan.

Theo hiệp hội, quy trình kiểm tra mới gồm nhiều bước hơn trước, kéo dài thời gian xử lý nhưng chưa chắc làm tăng hiệu quả bảo đảm an toàn thực phẩm, trong khi gây gián đoạn sản xuất và làm tăng mạnh chi phí cho doanh nghiệp.

Ngoài ra, nguyên liệu và bao bì nhập khẩu phục vụ sản xuất nội bộ – trước đây được miễn thủ tục tự công bố theo Nghị định 15 – nay cũng bị dừng thông quan do yêu cầu công bố hợp quy, trong khi doanh nghiệp chưa kịp hoàn tất hồ sơ.

Trước thực tế này, các hiệp hội kiến nghị cho phép tiếp tục áp dụng quy định của Nghị định 15/2018 trong thời gian tối thiểu 6 tháng để các địa phương hoàn thiện hướng dẫn và doanh nghiệp có thời gian thích ứng với quy định mới. Đồng thời, đề xuất rà soát, cắt giảm thủ tục kiểm tra nhà nước nhằm giảm chi phí và tháo gỡ khó khăn cho hoạt động sản xuất kinh doanh.