Theo ghi nhận từ cơ quan Hải quan, trong những ngày đầu áp dụng quy định mới, cộng đồng doanh nghiệp phản ánh nhiều khó khăn về cách thức khai báo tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ khi hệ thống chưa kịp nâng cấp tính năng tự động xác nhận qua khu vực giám sát. Đây vốn là những mảng nghiệp vụ phức tạp, dễ phát sinh sai sót trong quá trình kê khai tờ khai và đối soát hàng hóa giữa các đơn vị.

Để xử lý tình huống này, hướng dẫn mới cho phép doanh nghiệp tiếp tục khai báo theo Phụ lục I của Thông tư 121, đồng thời duy trì quy trình quản lý nội bộ chặt chẽ giữa DNCX với doanh nghiệp nội địa. Việc làm rõ các nhóm tình huống cụ thể không chỉ giúp doanh nghiệp tự tin hơn khi lên tờ khai mà còn giúp các chi cục hải quan địa phương thống nhất cách xử lý, tránh tình trạng mỗi nơi hiểu một kiểu gây ách tắc hàng hóa tại cửa khẩu.

Quản lý chặt chẽ chuỗi cung ứng và phế liệu thu hồi

Một trong những điểm mới được nhấn mạnh trong Công văn 11811 là việc quản lý nguyên liệu, vật tư thu hồi từ sản phẩm gia công hoặc sản xuất xuất khẩu. Đối với các mặt hàng nhập khẩu đưa vào DNCX để tái chế hoặc thu hồi linh kiện, cơ quan Hải quan yêu cầu doanh nghiệp phải phản ánh đầy đủ vào báo cáo quyết toán năm. Mọi biến động của dòng hàng, từ việc đưa hàng ra khỏi doanh nghiệp đến chuyển tiêu thụ nội địa, đều phải thực hiện khai báo đúng loại hình và hoàn tất nghĩa vụ thuế.

Quy định này nhằm ngăn chặn tình trạng lợi dụng chính sách ưu đãi thuế đối với loại hình sản xuất xuất khẩu để thẩm lậu hàng hóa vào thị trường nội địa mà không kê khai. Đặc biệt, nguyên tắc "đối ứng" giữa tờ khai xuất khẩu tại chỗ với nhập khẩu tại chỗ được siết chặt theo tỉ lệ một - một. Điều này đảm bảo tính minh bạch, giúp cơ quan quản lý dễ dàng đối soát số liệu và xác định đúng luồng đi của hàng hóa trong chuỗi cung ứng xuyên suốt.

Đồng hành cùng doanh nghiệp thích ứng quy định mới

Đánh giá về động thái này, TS Mạc Quốc Anh, Phó Chủ tịch kiêm Tổng Thư ký Hiệp hội Doanh nghiệp nhỏ và vừa TP. Hà Nội cho hay, việc ban hành hướng dẫn ngay sau khi thông tư có hiệu lực thể hiện sự đồng hành sát sao của ngành Hải quan. Thông tư 121 mang tính cải cách lớn nhưng bất kỳ quy định mới nào cũng cần thời gian thích nghi, do đó việc đưa ra các kịch bản xử lý cụ thể giúp giảm thiểu rủi ro pháp lý cho doanh nghiệp trong bối cảnh chuỗi cung ứng toàn cầu đòi hỏi sự chính xác khắt khe.

Ngoài ra, đại diện cộng đồng doanh nghiệp Hà Nội cũng nhấn mạnh, việc cấp tài khoản tra cứu hệ thống quản lý cho các đơn vị hải quan cửa khẩu sẽ tăng cường năng lực kiểm tra cơ sở sản xuất và hợp đồng gia công. Cơ chế này giúp sàng lọc các doanh nghiệp tuân thủ tốt đồng thời phát hiện sớm các đơn vị có dấu hiệu gian lận thương mại.

Ở góc độ thực thi, ông Trần Văn Nam - Giám đốc điều hành Công ty XNK cơ khí Nam Cương chia sẻ, hướng dẫn mới đã tháo gỡ áp lực lớn khi hệ thống chưa cập nhật tính năng xác nhận tự động. Việc cho phép sử dụng mã loại hình linh hoạt cho hàng tái chế nhưng vẫn đảm bảo quản lý chặt thuế giúp doanh nghiệp tối ưu hóa được nguồn nguyên liệu thu hồi mà không lo ngại vi phạm quy định pháp luật.

Với kết quả thu ngân sách tháng 1/2026 đạt 39.058 tỷ đồng, ngành Hải quan đang cho thấy nỗ lực lớn trong việc vừa đảm bảo nguồn thu, vừa hỗ trợ tạo thuận lợi thương mại. Việc tháo gỡ vướng mắc cho Thông tư 121 là bước đệm cần thiết để dòng chảy hàng hóa gia công, sản xuất xuất khẩu - động lực chính của nền kinh tế - luôn được thông suốt. Thời gian tới, việc nâng cấp hệ thống công nghệ thông tin để tự động hóa hoàn toàn các khâu giám sát sẽ là nhiệm vụ trọng tâm để nâng cao tính chính xác trong quản lý./.