Trước đó, vào lúc 6h45 ngày 5/4/2014, tại vùng biển Vịnh Bắc Bộ, tổ công tác thuộc Phòng Trinh sát Cảnh sát biển trong quá trình tuần tra kiểm soát trên biển đã phát hiện bắt giữ tàu NĐ 1865 do Trần Văn Tuyển (thường trú tại Trực Ninh, Nam Định) cùng 6 thuyền viên chở hơn 1.300 tấn than trái phép. Tại thời điểm kiểm tra, thuyền trưởng tàu không xuất trình được giấy tờ chứng minh nguồn gốc hợp pháp của số than trên, 5 thuyền viên trên tàu không có chứng chỉ chuyên môn về hàng hải.
Tiếp tục quá trình tuần tra, kiểm soát vào lúc 8h30 cùng ngày, cũng trên vùng biển Vịnh Bắc Bộ tổ công tác lại phát hiện tàu Hoàng Anh 369 có nhiều biểu hiện nghi vấn. Tổ công tác đã yêu cầu dừng máy kiểm tra. Qua kiểm tra và đấu tranh khai thác, tổ công tác xác định tàu vận tải mang biển hiệu Hoàng Anh 369 vận chuyển khoảng 1.000 tấn than không có hóa đơn chứng từ hợp pháp, trên tàu có 9 thuyền viên do Nguyễn Viết Huy (thường trú tại Thái Thụy, Thái Bình) làm thuyền trưởng, 5 thuyền viên trên tàu không xuất trình được chứng chỉ chuyên môn hàng hải.