Các dự án đầu tư đường bộ theo hình thức Xây dựng-Vận hành-Chuyển giao (gọi tắt là BOT) thường kê khai thời gian thu phí hoàn vốn từ 20 đến trên 30 năm. Tuy nhiên, sau khi được kiểm toán, nhiều dự án đã phải giảm trừ thời gian hoàn vốn tới trên 10 năm, tức là giảm từ 30 đến gần 50% thời gian thu phí so với ban đầu. Tình trạng này cho thấy, đã có sự kê khai tăng vốn đáng kể của các chủ đầu tư và cùng với đó là không ít những chỉ tiêu, định mức chưa sát với thực tế cũng như quy định của Nhà nước.
Sau kiểm toán, Dự án cao tốc Hà Nội - Hải Phòng đã phải giảm chi phí đầu tư trên 4.500 tỷ đồng, tương đương phải giảm thời gian thu phí hoàn vốn hơn 1 năm 1 tháng. Chủ đầu tư giải thích, sở dĩ có khoản chênh lệch về vốn đầu tư là sau thời điểm kiểm toán, dự án vẫn phải tiếp tục vay để trả nợ nhà thầu.
Tuy nhiên, cao tốc Hà Nội - Hải Phòng là dự án phải giảm thời gian thu phí thấp nhất trong số các dự án BOT giao thông được kiểm toán thời gian qua. Cụ thể, sau kiểm toán, Dự án mở rộng Quốc lộ 1 đoạn qua tỉnh Khánh Hòa bị đề nghị giảm thời gian thu phí trên 13 năm. Dự án mở rộng Đường Hồ Chí Minh qua Đăk Nông giảm trên 12 năm 3 tháng và Dự án nối đường Nguyễn Duy Trinh vào Khu công nghiệp Phú Hữu quận 9, TP. HCM giảm 11 năm. Ngoài việc chủ đầu tư kê khai tăng chi phí dự phòng, lãi vay, giải phóng mặt bằng còn nhiều sai sót khác gây đội vốn dự án.
Đồng thời, Bộ Giao thông vận tải cũng đã yêu cầu tất cả các trạm thu phí BOT phải có ít nhất 2 làn thu phí không dừng. Đây được coi là một công cụ hữu hiệu nữa để minh bạch số thu của các trạm cũng như tính toán chính xác thời gian hoàn vốn của các dự án BOT giao thông.