Thời gian gần đây, phong trào nuôi tôm thẻ chân trắng phát triển một cách đáng lo ngại ở các tỉnh Đồng Tháp, An Giang… Cụ thể, người dân đã tự ý khoan giếng để lấy nước ngầm và pha thêm muối nhằm tăng độ mặn để nuôi tôm thẻ chân trắng. Một số hộ nuôi vụ đầu tiên bán có lời, từ đó kích thích nhiều hộ khác nuôi theo. Vấn đề lo ngại là các nơi nuôi tôm đều không có hệ thống cấp nước và thoát nước riêng biệt vì vậy, việc thải nguồn nước mặn ra bên ngoài sẽ dẫn tới ô nhiễm, nguy cơ thiệt hại cho cây lúa, hoa màu và các loại thủy sản nước ngọt khác.
Ngoài ra, khai thác nước ngầm quá mức để phục vụ nuôi tôm thẻ chân trắng sẽ làm cạn kiệt tài nguyên nước. Chưa kể nếu nuôi tôm thẻ chân trắng tràn lan ở những vùng đầu nguồn như Đồng Tháp và An Giang, khi lỡ xảy ra dịch bệnh sẽ rất nguy hại đối với vùng hạ nguồn.
Trước tình hình trên, Tổng cục Thủy sản và các tỉnh ĐBSCL thống nhất không khuyến khích nông dân nuôi tôm thẻ chân trắng trong vùng nước ngọt. Chính quyền các địa phương và ngành chức năng sẽ siết chặt quản lý và có biện pháp nghiêm cấm việc khai thác nước ngầm để nuôi tôm thẻ chân trắng trong vùng nước ngọt.