Do phụ thuộc hoàn toàn vào thị trường nội địa nên đầu ra của cá rô đầu vuông rất hạn chế, không ổn định. Tại Hậu Giang, địa phương có diện tích cá rô đầu vuông lên đến 250ha, hiện tại giá cá 10 con 1kg dao động ở mức 22.000 – 23.000 đồng/kg, trong khi để có 1kg cá thương phẩm, người nuôi tốn trung bình 21.000 đồng tiền thức ăn.
Như vậy nếu hộ nào nuôi đạt hiệu quả tốt nhất cũng chỉ lợi nhuận 2.000 đồng/kg, đó là chưa tính công lao động… Không chỉ lời ít, mà theo nhiều người dân, hiện tại số lượng thương lái thu mua cũng rất hạn chế.
Trước những khó khăn của người nuôi, các địa phương trong khu vực đã tính đến phương án quy hoạch lại vùng nuôi. Tuy nhiên, nếu chỉ quản lý được diện tích thả nuôi, mà chưa tính đến giải pháp nâng cao chất lượng, mở rộng thị trường tiêu thụ thì bài toán ứ đọng, dội hàng chắc chắn chưa thể giải quyết.