Thông tư cũng quy định cụ thể áp dụng với doanh nghiệp kinh doanh tạm nhập, tái xuất phải được thành lập tối thiểu là 2 năm, đã có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu hoặc tạm nhập, tái xuất hàng hóa.
Với các doanh nghiệp đã được Bộ Công Thương cấp giấy chứng nhận mã số kinh doanh tạm nhập, tái xuất theo quy định trước đây được tiếp tục kinh doanh trong vòng 90 ngày kể từ khi thông tư này có hiệu lực. Việc ký quỹ nhắm hặn chế các vụ việc vi phạm trong hoạt động tạm nhập tái xuất hàng đông lạnh vi phạm điều kiện ATTP.