Theo đó, Thanh tra đã phát hiện ra 125 doanh nghiệp hạch toán lỗ trong 3 năm từ 2009-2011. Với tổng mức lỗ lên tới gần 5.000 tỷ đồng. Ví dụ như trường hợp của Công ty TNHH Sumitomo Bakelite Việt Nam, 100% vốn Nhật Bản có trụ sở tại Khu công nghiệp Thăng Long, Hà Nội lỗ lũy kế 3 năm lên tới hơn 777 tỷ đồng. Hay như Công ty TNHH điện tử Meiko Việt Nam có số lỗ 3 năm là hơn 300 tỷ đồng.
Ngoài ra còn có hàng loạt các công ty ở các tỉnh Đồng Nai, Bình Dương đều có số lỗ trên 200 tỷ đồng. Tuy nhiên, điều mà Thanh tra Chính phủ phát hiện là trong bối cảnh khai lỗ liên tục, thì một số doanh nghiệp vẫn có tốc độ tăng doanh thu hàng năm vẫn cao, hoạt động sản xuất kinh doanh liên tục được mở rộng, nhiều doanh nghiệp đã có số lỗ vượt quá số vốn chủ sở hữu.
Tuy nhiên, cho đến nay, do không xác minh được thông tin đầu ra đối với các doanh nghiệp nước ngoài trong giao dịch liên kết nên cơ quan thuế chưa đủ cơ sở để xem xét, xử lý tình trạng này.