Hiện nay, do chi phí đầu vào nuôi cá như: Thức ăn, thuốc thú y, hóa chất xử lý môi trường... liên tục tăng, nên giá thành nuôi cá tra bình quân trên 23.000 đồng/kg. Với giá hiện tại, người nuôi cá lỗ tương đương mức 600 đến 750 triệu đồng/ha với mức năng suất cá tra trung bình khoảng 300 tấn/ha.
Với giá bán cá thấp hơn cả giá thành sản xuất, sẽ dẫn đến diện tích thả nuôi cá tra đầu năm 2013 chậm lại. Một phần diện tích nuôi cá tra có thể bị "treo" hay chuyển sang nuôi cá khác.
Theo Bộ NN&PTNT, số hộ nông dân tại ĐBSCL được vay vốn mới với lãi suất dưới 11% là rất ít. Nguyên nhân là do người nuôi cá và doanh nghiệp khó có thể chạm tay vào các khoản vay Ngân hàng, bởi họ không còn tài sản thế chấp để vay mới.
Để tháo gỡ khó khăn cho ngành cá tra trong năm 2013, Bộ NN&PTNT đề nghị Ngân hàng Nhà nước xem xét điều chỉnh lại thời hạn vay nuôi cá tra, cơ cấu lại nợ, tăng hạn mức cho vay, tiếp tục chỉ đạo hệ thống Ngân hàng triển khai cho vay theo tinh thần chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.