2013 đánh dấu năm thứ 9 Sao Mai được tổ chức và trong suốt 8 mùa thực hiện trước đó, format chương trình chưa từng có bất cứ sự thay đổi nào. Tuy nhiên, trong năm nay, sau khi xem xét những yếu tố liên quan và để đảm bảo phù hợp với tình hình thực tế, BTC chương trình đã quyết định điều chỉnh một số nội dung tại vòng chung kết toàn quốc.
Những sự điều chỉnh được BTC công bố gồm:
1. Về sử dụng kết quả tin nhắn bình chọn tại các đêm Chung kết các phong cách âm nhạc:
Thí sinh được khán giả bình chọn nhiều nhất tại đêm chung kết phong cách âm nhạc sẽ nhận được phần thưởng của BTC; Kết quả bình chọn của khán giả không quy đổi ra số điểm cộng vào tổng điểm của thí sinh đó để đi tiếp vào vòng trong.
2. Về cơ cấu giải thưởng:
Tại đêm chung kết và xếp hạng, BTC sẽ trao các giải thưởng cho các thí sinh như sau:
- Giải Nhất cho các thí sinh có số điểm cao nhất tại đêm chung kết xếp hạng của 3 phong cách âm nhạc.
- Giải Nhì cho các thí sinh có số điểm đứng thứ hai tại đêm chung kết xếp hạng của 3 phong cách âm nhạc.
- Giải Ba cho các thí sinh còn lại trong đêm chung kết xếp hạng của 3 phong cách âm nhạc.
- Giải triển vọng cho thí sinh tham dự vòng chung kết toàn quốc giải Sao Mai 2013.
- Phần thưởng của BTC cho thí sinh khu vực châu Âu tham dự vòng chung kết toàn quốc giải Sao Mai trình diễn ấn tượng nhất.
- Phần thưởng cho thí sinh được khán giả bình chọn nhiều nhất qua hệ thống tin nhắn SMS trong đêm chung kết xếp hạng.
Bên cạnh Ban giám khảo chấm thi của từng phong cách âm nhạc, BTC còn thành lập một hội đồng tư vấn để giúp BTC trong tổ chức giải.