Trước đó, vào lúc 21h13 ngày 15/9, Trung tâm phối hợp hàng hải Khu vực III - Trung tâm III nhận được tin báo do thời tiết xấu có sóng to, gió lớn, tàu cá BV 75098 TS bị chìm tại vị trí 9 độ 16 phút Bắc, 107 độ 43 phút Đông, vị trí tàu gặp nạn cách Vũng Tàu 63 hải lý về phía Đông Nam.
Trên tàu có 7 thuyền viên, trong đó có hai thuyền viên đã được các tàu cá ứng cứu, còn 5 thuyền viên khác mất tích, thuyền trưởng tàu BV 75098 TS đề nghị cứu nạn khẩn cấp. Ngoài hiện trường lúc đó có tàu BĐ 31076 TS và một số tàu các khác tổ chức tìm kiếm các thuyền viên bị nạn.
Sau khi tiếp nhận thông tin trên, Trung tâm III đã đề nghị Hồ Chí Minh Radio phát thông báo cứu nạn khẩn cấp để huy động lực lượng các tàu thuyền đang hoạt động, hành trình gần hiện trường vụ tai nạn biết để tham gia tìm kiếm cứu nạn đồng thời liên lạc với tàu BĐ 31076 TS, nắm thêm thông tin về vụ tai nạn. Trung tâm III thông báo vụ tai nạn nói trên đến Ban chỉ huy Phòng chống lụt bão và Tìm kiếm cứu nạn, Bộ chỉ huy Bộ đội biên phòng Bà Rịa-Vũng Tàu, Vùng Cảnh sát biển 3 và các đơn vị liên quan khác để phối hợp xử lý vụ việc.
Cùng với đó, lãnh đạo Trung tâm III và Vùng Cảnh sát biển 3 điều động tàu SAR 413 (Trung tâm III) và tàu CSB 2009 (Vùng Cảnh sát biển 3) ra hiện trường phối hợp với các tàu cá tổ chức tìm kiếm 5 thuyền viên bị mất tích; thông báo đến gia đình các thuyền viên trên tàu bị nạn để cập nhật thêm các thông tin liên quan về số lượng thuyền viên, hành trình của tàu để chủ động trong công tác tổ chức tìm kiếm, cứu nạn.
Do ảnh hưởng của cơn bão số 3 nên tình hình thời tiết tại khu vực xảy ra tai nạn rất phức tạp có sóng to, gió giật mạnh, khu vực bị nạn có gió Tây Nam cấp 5-6, giật cấp 7-8. Đến 11h55 ngày 16/9, lực lượng tại hiện trường đã phát hiện 5 thuyền viên còn lại tại vị trí 09 độ 34 phút Bắc, 108 độ 01 phút Đông, cách vị trí tàu bị nạn 25 hải lý (gần 50 km) về phía Bắc – Đông Bắc; các thuyền viên rất yếu. Sau khi ứng cứu 5 thuyền viên trôi dạt trên biển, tàu SAR 413 tiếp tiếp cận tàu BT 98037TS và tàu CSB 2009 tiếp cận tàu BĐ 31076 TS để tiếp tục chuyển các thuyền viên còn lại lên tàu sơ cứu y tế. Do điều kiện thời tiết tại hiện trường có sóng to, gió lớn nên việc chuyển các thuyền viên bị nạn lên 2 tàu SAR 413 và CSB 2009 gặp rất nhiều khó khăn.
Đến 17h30 cùng ngày, công tác tiếp nhận 7 thuyền viên bị nạn từ tàu cá đã hoàn tất. Danh sách các thuyền viên bị nạn trên tàu cá BV 75698 TS gồm: Trần Văn Nhân (sinh năm 1981), quê quán Bà Rịa-Vũng Tàu; Trần Thế Vũ (1983), quê quán Lâm Đồng; Trần Văn Anh (1980) quê quán Bình Thuận; Nguyễn Thanh Lộc (1969), quê quán Bình Thuận; Lê Ngọc Trưởng (1978), quê quán Bình Thuận; Trần Văn Nguyên (1979), quê quán Bà Rịa-Vũng Tàu; Nguyễn Văn Sỹ (1978), quê quán Bà Rịa-Vũng Tàu.
Ngay khi tàu cập cảng Trung tâm III, lãnh đạo Trung tâm III, Vùng Cảnh sát biển 3 và Ban chỉ huy Phòng chống lụt bão và Tìm kiếm cứu nạn tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu đã đến tận nơi động viên, thăm hỏi tình hình sức khỏe của các thuyền viên bị nạn cùng thân nhân các thuyền viên đang có mặt tại buổi tiếp nhận, sau đó các thuyền viên được đưa về Bệnh viện Lê Lợi (thành phố Vũng Tàu) để chăm sóc, kiểm tra sức khỏe. Các cơ quan chức năng sẽ làm thủ tục bàn giao các thuyền viên về địa phương đoàn tụ với gia đình.