Thông tư nêu rõ, nếu vi phạm hành chính trong lĩnh vực quản lý phí, lệ phí, mức phạt tiền tối đa đối với cá nhân là 50.000.000 đồng, đối với tổ chức là 100.000.000 đồng.
Đối với hành vi không niêm yết hoặc không thông báo công khai chế độ thu theo quy định của pháp luật phí, lệ phí tại địa điểm thu, nộp phí, lệ phí ở vị trí thuận tiện để các đối tượng nộp phí, lệ phí dễ nhận biết bị phạt từ 1 đến 3 triệu đồng.
Nếu vi phạm quy định về nộp phí, lệ phí, phạt tiền từ 01 đến 03 lần số tiền phí, lệ phí gian lận, trốn nộp đối với hành vi gian lận, trốn nộp phí, lệ phí theo quy định. Mức phạt tiền tối đa là 50.000.000 đồng.
Thông tư cũng nêu rõ, phạt tiền đối với hành vi khai man, khai khống hồ sơ để được áp dụng quy định miễn, giảm phí, lệ phí. Mức phạt là 20% tính trên số tiền được miễn, giảm. Mức phạt tối thiểu là 500.000 đồng, mức phạt tối đa là 50.000.000 đồng…
Ngoài việc bị áp dụng hình thức xử phạt chính, cá nhân, tổ chức vi phạm hành chính còn bị áp dụng một trong các biện pháp khắc phục hậu quả như buộc hoàn trả toàn bộ tiền phí, lệ phí đã thu do thực hiện sai pháp luật về phí, lệ phí cho người nộp phí, lệ phí. Trong trường hợp không xác định được người để hoàn trả thì nộp vào ngân sách nhà nước; buộc nộp vào ngân sách nhà nước toàn bộ số tiền có được do vi phạm quy định về mức thu phí, lệ phí…