Thống kê cho thấy, sản lượng thanh long Bình Thuận xuất khẩu hiện chiếm tỷ trọng 80-85%, nhưng xuất khẩu sang Trung Quốc theo hình thức mậu biên, dẫn đến tình trạng bị ép giá và phụ thuộc vào thị trường. Hơn nữa, do quy mô nhỏ, năng lực mua bán quốc tế còn nhiều hạn chế nên 8 doanh nghiệp kinh doanh, xuất khẩu chính ngạch thanh long trên địa bàn Bình Thuận không quản lý được hết thị trường.
Sự tham gia của lực lượng mua bán trung gian đã gây ra tình trạng mất trật tự, làm rối loạn thị trường, thiệt hại cho doanh nghiệp và thất thu nguồn thuế của Nhà nước. Theo Cục Thuế tỉnh Bình Thuận, tỷ lệ sản lượng thanh long được quản lý thu thuế chỉ ở mức dưới 40%; còn lại hơn 60% sản lượng thanh long tiêu thụ ra thị trường không làm nghĩa vụ nộp thuế cho Nhà nước.
Một nguyên nhân khác dẫn đến tình trạng thất thu thuế là trong mức thuế đóng trung bình trên giá bán của 1kg thanh long có xu hướng giảm dần. Năm 2010, mức thuế đóng trung bình trên giá bán của 1kg thanh long là 0,92%, đến năm 2011 giảm còn 0,69% và năm 2012 giảm xuống 0,66%.
Ngành thuế Binh Thuận cho biết, nếu thu đủ thuế 100% thì mỗi năm, ngân sách cũng mất đi khoảng 17 tỷ đồng đối với mặt hàng thanh long. Do đó, việc phát triển diện tích thanh long theo đúng quy hoạch cũng đang được tỉnh này xem xét.