Đây chính kết quả đạt được sau kiến nghị của Hội đồng AFF gửi tới LĐBĐ châu Á đối với nguyên tắc bốc thăm môn bóng đá tại SEA Games 29 do phía chủ nhà Malaysia đề xuất. Theo đó, nếu áp dụng nguyên tắc này, Malaysia được quyền chọn bảng đấu sau khi các đội đã bốc thăm xong. Đây là điều trái với thông lệ quốc tế đang được áp dụng tại các giải thi đấu bóng đá và sẽ dẫn đến sự thiếu khách quan cũng như không đảm bảo cân bằng về chuyên môn giữa các bảng đấu.
Nguyên tắc bốc thăm của SEA Games 28 sẽ được áp dụng tại SEA Games 29
Trước kiến nghị từ Hội đồng AFF và phản ứng của Liên đoàn bóng đá các quốc gia trong khu vực, BTC SEA Games 29 quyết định sẽ áp dụng nguyên tắc bốc thăm đã được thực hiện tại SEA Games 28 do Singapore tổ chức thay thế cho nguyên tắc bốc thăm dự kiến ban đầu vốn không nhận được sự đồng thuận của các nước tham dự. Nguyên tắc bốc thăm được áp dụng tại SEA Games 28 cũng chính là nguyên tắc bốc thăm được đánh giá tuân thủ thông lệ quốc tế và thể hiện sự khách quan, công bằng nhất đối với các đội.
Cụ thể, theo nguyên tắc bốc thăm này, 2 đội gồm chủ nhà Malaysia và đương kim vô địch Thái Lan sẽ thuộc nhóm hạt giống số 1 sẽ được tách vào 2 bảng. Tiếp đó, các đội còn lại căn cứ vào thứ hạng được chia vào các cặp để bốc thăm vào các bảng đấu. Điều này đồng nghĩa với khả năng Việt Nam và Myanmar sẽ không nằm cùng bảng do cùng thuộc cùng nhóm 2 (Myanmar giành HCB và Việt Nam giành HCĐ tại kỳ SEA Games 28). Tương tự như vậy, các đội còn lại gồm Indonesia, Singapore, Lào, Campuchia, Timor Leste, Philippines và Brunei cũng sẽ được phân nhóm căn cứ vào thứ hạng tại kỳ SEA Games trước khi bốc thăm vào 2 bảng đấu.
Môn futsal hiện có 5 đội tham dự nên dự kiến sẽ thi đấu theo thể thức vòng tròn 1 lượt tính điểm xếp hạng.
Theo những thông tin từ BTC SEA Games 29 tại Malaysia, lễ bốc thăm cho các môn thể thao đồng đội dự kiến sẽ được diễn ra vào ngày 8/7.