Năm 2012, những khó khăn của nền kinh tế đã khiến hoạt động xuất nhập khẩu trên địa bàn sụt giảm. Số thu ngân sách do HQHN thực hiện đạt 16.573,89 tỷ đồng, giảm 9,8% so với cùng kỳ năm trước. Ngành đã phát hiện, xử lý 1.331 vụ gian lận thương mại, xử phạt 5,25 tỷ đồng. Qua tham vấn giá tính thuế với 246 tờ khai, đã truy thu 539,8 triệu đồng thuế. Công tác thu hồi nợ đọng thuế được đẩy mạnh với tổng số nợ thu hồi đạt hơn 1.047 tỷ đồng.
Năm 2013, bên cạnh việc triển khai thủ tục hải quan điện tử, cơ chế hải quan một cửa quốc gia và một cửa ASEAN, HQHN sẽ đẩy mạnh các hoạt động nghiệp vụ nhằm chống thất thu ngân sách. Tăng cường kỷ luật, chống tệ phiền hà, sách nhiễu, tiêu cực nhằm xây dựng đơn vị trong sạch, vững mạnh.