Tại thông báo số 131/TB-VPCP của Văn phòng Chính phủ, Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh nhất trí nội dung cơ bản của Đề án. Đồng thời, yêu cầu Bộ GD-ĐT chủ trì thành lập tổ công tác liên ngành để phối hợp với các Bộ, cơ quan liên quan khẩn trương hoàn thiện nội dung Đề án thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động đối với 4 trường đại học trực thuộc Bộ (gồm Trường ĐH Ngoại thương, Trường ĐH Hà Nội, Trường ĐH Kinh tế Quốc dân và Trường ĐH Kinh tế TP Hồ Chí Minh), trình Thủ tướng Chính phủ xem xét trước 30/4/2014 và phê duyệt trước ngày 30/5/2014.
Theo chỉ đạo của Phó Thủ tướng, trong quá trình hoàn thiện Đề án này cần rà soát lại để lựa chọn các nhiệm vụ giao cho các trường tự quyết định và chịu trách nhiệm một cách phù hợp, gắn với chuẩn kết quả thực hiện để phục vụ cho công tác kiểm tra, đánh giá và quản lý chặt chẽ theo hướng tiếp tục giao tự chủ thực hiện đối với các nhiệm vụ đã được giao và mở rộng hợp lý hoặc từng bước các nhiệm vụ có thể phân cấp.
Phó Thủ tướng giao Bộ Nội vụ chủ trì, phối hợp Bộ GD-ĐT căn cứ thực tiễn hiện nay, đề xuất về tiêu chí tuyển chọn và chỉ tiêu tổng biên chế viên chức tối đa của từng trường trong thời gian thí điểm, nhằm đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ đào tạo được giao, làm cơ sở pháp lý cho các trường chủ động quyết định về việc phát triển tổ chức bộ máy, nhân sự phù hợp.
Về chế độ trả lương cho người lao động trong các cơ sở thí điểm thì Phó Thủ tướng yêu cầu Bộ Nội vụ xây dựng thanh bảng lương (theo kết luận của Trung ương). Trong khi chưa xây dựng được bảng lương cụ thể, tạm thời cho thực hiện theo một mức tối đa nhất định, bên cạnh đó nghiên cứu thưởng.
Có cơ chế thu học phí riêng
Về tài chính, Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh cũng yêu cầu cần quy định rõ những công việc được thu tiền dịch vụ và những công việc nào không được thu thêm tiền ngoài học phí. Phân biệt rõ việc thu lệ phí và việc thu tiền để thực hiện các dịch vụ đào tạo ngoài học phí để đáp ứng theo nhu cầu. Về lệ phí cần thực hiện theo quy định chung của Nhà nước. Các chính sách thu của trường phải được công bố công khai, quản lý chặt chẽ, phục vụ đúng mục đích.
Về học phí thì căn cứ vào các quy định hiện hành, thực tiễn chi phí và khả năng đáp ứng nhu cầu đào tạo để tính toán và đề ra được quy định về mức thu học phí đối với các đơn vị thí điểm theo từng nhóm ngành theo hướng có quy định cụ thể về khung học phí được phép thu đối với từng nhóm ngành hoặc gắn với tiêu chí đáp ứng điều kiện phục vụ dạy và học trong từng giai đoạn. Đối với các chương trình chất lượng cao được thu học phí tương xứng chi phí đào tạo theo yêu cầu và sự thỏa thuận giữa người học và cơ sở đào tạo.
Ngoài ra, Phó Thủ tướng cũng yêu cầu Đề án cần làm rõ về cơ chế phân phối tài chính phù hợp trong các đơn vị; cơ chế phân phối cần chú trọng chính sách chi tiền thưởng, tiền hỗ trợ, khuyến khích, động viên nâng cao năng suất, chất lượng lao động, hạn chế mở rộng mức bình quân theo mức lương cơ bản đã được Nhà nước quy định. Trong điều kiện cụ thể, có thể dành một phần thu để chi đầu tư xây dựng, phát triển nhà trường. Bộ Tài chính nghiên cứu, đề xuất trong Đề án cơ chế tín dụng cho các trường thí điểm.
Theo chỉ đạo của Phó Thủ tướng, trong quá trình hoàn thiện Đề án này cần rà soát lại để lựa chọn các nhiệm vụ giao cho các trường tự quyết định và chịu trách nhiệm một cách phù hợp, gắn với chuẩn kết quả thực hiện để phục vụ cho công tác kiểm tra, đánh giá và quản lý chặt chẽ theo hướng tiếp tục giao tự chủ thực hiện đối với các nhiệm vụ đã được giao và mở rộng hợp lý hoặc từng bước các nhiệm vụ có thể phân cấp.
Phó Thủ tướng giao Bộ Nội vụ chủ trì, phối hợp Bộ GD-ĐT căn cứ thực tiễn hiện nay, đề xuất về tiêu chí tuyển chọn và chỉ tiêu tổng biên chế viên chức tối đa của từng trường trong thời gian thí điểm, nhằm đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ đào tạo được giao, làm cơ sở pháp lý cho các trường chủ động quyết định về việc phát triển tổ chức bộ máy, nhân sự phù hợp.
Về chế độ trả lương cho người lao động trong các cơ sở thí điểm thì Phó Thủ tướng yêu cầu Bộ Nội vụ xây dựng thanh bảng lương (theo kết luận của Trung ương). Trong khi chưa xây dựng được bảng lương cụ thể, tạm thời cho thực hiện theo một mức tối đa nhất định, bên cạnh đó nghiên cứu thưởng.
Có cơ chế thu học phí riêng
Về tài chính, Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh cũng yêu cầu cần quy định rõ những công việc được thu tiền dịch vụ và những công việc nào không được thu thêm tiền ngoài học phí. Phân biệt rõ việc thu lệ phí và việc thu tiền để thực hiện các dịch vụ đào tạo ngoài học phí để đáp ứng theo nhu cầu. Về lệ phí cần thực hiện theo quy định chung của Nhà nước. Các chính sách thu của trường phải được công bố công khai, quản lý chặt chẽ, phục vụ đúng mục đích.
Về học phí thì căn cứ vào các quy định hiện hành, thực tiễn chi phí và khả năng đáp ứng nhu cầu đào tạo để tính toán và đề ra được quy định về mức thu học phí đối với các đơn vị thí điểm theo từng nhóm ngành theo hướng có quy định cụ thể về khung học phí được phép thu đối với từng nhóm ngành hoặc gắn với tiêu chí đáp ứng điều kiện phục vụ dạy và học trong từng giai đoạn. Đối với các chương trình chất lượng cao được thu học phí tương xứng chi phí đào tạo theo yêu cầu và sự thỏa thuận giữa người học và cơ sở đào tạo.
Ngoài ra, Phó Thủ tướng cũng yêu cầu Đề án cần làm rõ về cơ chế phân phối tài chính phù hợp trong các đơn vị; cơ chế phân phối cần chú trọng chính sách chi tiền thưởng, tiền hỗ trợ, khuyến khích, động viên nâng cao năng suất, chất lượng lao động, hạn chế mở rộng mức bình quân theo mức lương cơ bản đã được Nhà nước quy định. Trong điều kiện cụ thể, có thể dành một phần thu để chi đầu tư xây dựng, phát triển nhà trường. Bộ Tài chính nghiên cứu, đề xuất trong Đề án cơ chế tín dụng cho các trường thí điểm.