Trước đó, để chủ động công tác tổ chức các giải đấu trong điều kiện dịch COVID-19, BTC Cúp Quốc gia 2020 đã điều chỉnh lịch thi đấu từ vòng tứ kết. Theo đó được ấn định trong các ngày 1/8 và 2/8/2020.
Cúp Quốc gia 2020 thay đổi lịch thi đấu mới trong ngày 28/7/2020
Tuy nhiên, lịch thi đấu này đã tiếp tục được thay đổi. Cụ thể, các trận đấu tứ kết diễn ra trong ngày 4 và 5/8, muộn hơn 3 ngày so với lịch thi đấu ban hành hôm 27/7. Vòng bán kết diễn ra ngày 9/8 và trận chung kết tổ chức vào 13/8.
Việc đổi lịch này được ban điều hành giải thích trong công văn số 65-BĐH về việc đổi lịch thi đấu Cúp quốc gia 2020 (lần 2). Theo đó, CLB Quảng Ninh nằm trong diện cách ly theo Công văn số 5030/UBND-DL1 "V/v tăng cường triển khai một số biện pháp phòng chống dịch trong tình hình mới" của UBND tỉnh Quảng Ninh.
Ở vòng thứ kết, CLB Quảng Ninh làm khách trước Hà Tĩnh. Theo lịch mới ban hành, trận đấu diễn ra lúc 17h ngày 5/8. Cùng ngày, CLB Hà Nội tiếp Cần Thơ lúc 19h15. Trước đó, 2 trận đấu sớm diễn ra ngày 4/8. Bà Rịa Vũng Tàu tiếp CLB TP.HCM lúc 17h, Viettel tiếp Bình Dương vào 19h15.