Ngành thủy sản đã và đang đối mặt với nhiều thách thức như khai thác quá mức, khai thác hủy diệt bằng xung điện, sử dụng ngư cụ có mắt lưới nhỏ hơn quy định. Từ thực tế đó, năm 2012 Chính phủ đã phê duyệt chương trình bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản đến năm 2020.

Trong 5 năm qua, bước đầu xác định trên vùng biển nước ta có 1.178 loài hải sản, khả năng cho phép khai thác trung bình khoảng 2,45 triệu tấn. Tuy nhiên, tổng sản lượng thủy sản khai thác ở các nhóm cá, tôm, cua, bạch tuộc hiện đã khoảng 3,1 triệu tấn, vượt quá giới hạn khai thác. Do vậy áp lực khai thác của một số loài thủy hải sản hiện ở mức khá cao. Ngư dân khai thác cá con, cá có trứng khá phổ biến ở hầu hết các vùng biển.

Đối với công tác bảo tồn vùng nước nội địa, tính đến thời điểm này, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã thành lập được mạng lưới của 10/16 khu bảo tồn biển tại Việt Nam. Nhưng hiệu quả quản lý các khu bảo tồn biển còn nhiều bất cập như: các văn bản liên quan đến quản lý bảo tồn biển còn chồng chéo, thiếu các chính sách hỗ trợ phát triển hệ thống khu bảo tồn biển cũng như sinh kế cho người dân. Tình trạng khai thác hủy diệt ngay trong vùng lõi khu bảo tồn biển vẫn còn diễn ra.

Bên cạnh việc bảo tồn, thả tái tạo các loại thủy hải sản quý thì việc xác định được bãi đẻ, mùa đẻ của từng loài thủy sản, qua đó khoanh vùng bảo vệ cũng là giải pháp quan trọng. Bên cạnh đó, việc kiểm tra, kiểm soát, thực thi pháp luật nhằm ngăn chặn suy giảm nguồn lợi thủy sản cũng sẽ siết chặt hơn trong thời gian đến.