Kết quả điều tra cho thấy vụ tai nạn làm chìm ca nô BP 12-04-02 do những nguyên nhân sau: Sử dụng phương tiện sai mục đích: ca nô bị nạn là phương tiện của Bộ đội biên phòng phục vụ mục đích tuần tra, không được dùng để chở khách; Ca nô chở số người gấp 2,5 lần cho phép (30 người/12 người, chưa kể các hành lý cá nhân kèm theo); Ca nô hành trình ra vùng không được phép hoạt động: theo Giấy chứng nhận đăng kiểm, ca nô chỉ được phép hoạt động trong vùng sông - vịnh kín. Thực tế ca nô đi từ Tiền Giang sang Vũng Tàu và bị chìm tại khu vực biển Cần Giờ là vùng không được phép hoạt động; Việc điều khiển ca nô không phù hợp dẫn đến ca nô bị lật: sau khi ra khỏi cạn ở khu vực Cồn Ngựa, người điều khiển ca nô đã bẻ lái sang phải, làm tăng tác động của sóng lên mạn phải.
Ngoài ra, trong điều kiện ca nô chở người vượt quá khả năng cho phép, sóng lớn đã làm ca nô nghiêng trái đột ngột, gây lệch trọng tâm, nước tràn vào ca nô dẫn đến mất khả năng hồi phục về vị trí cân bằng, làm cho ca nô bị lật; Người điều khiển phương tiện không có chứng chỉ chuyên môn lái phương tiện thủy tốc độ cao; Phương tiện vào, rời nơi không được công bố cho tàu thuyền neo đậu; Người điều khiển phương tiện không làm thủ tục vào, rời bến cho phương tiện theo quy định…
Đặc biệt, kết quả điều tra cũng cho thấy một số cá nhân đã có dấu hiệu vi phạm nghiêm trọng các quy định trong hoạt động giao thông đường thủy nội địa, đặc biệt là có dấu hiệu che giấu thông tin liên quan đến vụ tai nạn, không thông báo kịp thời cho cơ quan chuyên ngành về tìm kiếm cứu nạn dẫn đến hậu quả vụ tai nạn trở nên nghiêm trọng hơn. Những vi phạm này có dấu hiệu cấu thành tội phạm. Căn cứ khoản 6 Điều 12 Thông tư số 27/2012 /TT-BGTVT của Bộ GTVT ngày 20-7-2012 về báo cáo điều tra tai nạn, vào ngày 22-8-2013, Tổ điều tra tai nạn đã chuyển hồ sơ liên quan đến vụ tai nạn cho Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TP Hồ Chí Minh thụ lý theo thẩm quyền.